Los órganos superiores de la Cámara de Cuentas son el consejo y la presidencia.

El consejo es el órgano de la Cámara de Cuentas integrado por la totalidad de sus miembros. Entre sus funciones, debe aprobar el programa anual de fiscalización, las memorias y los informes de la Cámara de Cuentas, el proyecto de presupuesto de la propia Cámara, así como proponer a las Cortes de Aragón el proyecto de Reglamento de Organización y Funcionamiento de la Institución y establecer las directrices técnicas y criterios a los que deban sujetarse los procedimientos de fiscalización.

La presidencia es el máximo representante de la Cámara ante cualquier instancia. A él le corresponde convocar y presidir el Consejo, ejercer la jefatura superior del personal y las funciones relativas a su nombramiento y contratación, asignar las tareas de fiscalización, dirigir los servicios técnicos y administrativos de la Cámara, notificar y certificar todos los informes que se realicen y comparecer ante las Cortes de Aragón, entre otras funciones.

Las funciones detalladas tanto del consejo como de la presidencia se recogen en la normativa propia de la Cámara.

Presidente y consejeros son la parte más visible de un equipo de profesionales integrado por los directores de auditoría, técnicos y ayudantes, la secretaría general y el personal de administración y gabinete.