La Cámara de Cuentas de Aragón se organiza en dos órganos: el consejo y el presidente. 

El presidente, es el máximo representante de la Cámara de Cuentas ante cualquier instancia. 

A él le corresponde convocar y presidir el consejo, ejercer la jefatura superior del personal y las funciones relativas a su nombramiento y contratación, asignar las tareas de fiscalización, dirigir los servicios técnicos y administrativos de la Cámara, notificar y certificar todos los informes que se realicen por la Cámara de Cuentas en el ejercicio de sus funciones y comparecer ante las Cortes de Aragón, entre otras funciones. 

Desde febrero de 2024, el presidente de la Cámara de Cuentas de Aragón es Jesús María Royo Crespo.