El programas de fiscalización de la Cámara de Cuentas de Aragón tiene carácter anual y recoge los trabajos de auditoría previstos en dicho periodo. El programa incluye, en todo caso y por mandato legal, la fiscalización de la Cuenta General de la Comunidad  Autónoma y, además, las prioridades comunicadas por las Cortes de Aragón y trabajos concretos, determinados a iniciativa de la propia Cámara de Cuentas.

También recoge las fiscalizaciones que puedan realizarse en el marco de la cooperación y colaboración con el Tribunal de Cuentas y con otros Órganos de Control Externo de las Comunidades Autónomas españolas.